加速的基因组测序分析

通过 GPU 加速分析体验高吞吐量、高精度的 DNA 与 RNA 测序。

NVIDIA Clara Parabricks® 是一款 GPU 加速的计算基因组学工具包,可为测序中心、临床团队、基因组学研究人员以及新一代测序仪器开发者提供快速准确的分析,进而助力更快速、更准确的基因组学分析。

关键应用

使用一流的工具加速应用。

使用加速工具进行黄金标准的种系、体细胞和 RNA 的快速分析。

速度提升高达 80 倍

获得高达 80 倍的性能提升。

与仅使用CPU的解决方案相比,速度提升高达 80 倍,计算成本降低高达 50%。

更高的准确性

提高测序分析的准确性。

借助 Clara Parabricks 和 GPU,将深度学习的强大功能应用到基因组分析。

灵活的工作流

利用灵活的工作流。

通过使用工作流描述语言 (WDL) 和 NextFlow 配置工具来创建自定义工作流。

端到端加速基因组分析。

使用黄金标准工具。

Clara Parabricks 可提供计算生物学家和生物信息学家每天使用的 GPU 加速版本的工具,可显著缩短运行时间、提高工作流可扩展性,并降低计算成本。

这包括与工作流语言和管理程序(WDL、NextFlow、Cromwell)完全兼容,从而轻松融合 GPU 和 CPU 驱动的任务,并支持进行轻松的云部署(AWS、GCP、Terra 和 DNAnexus)。

从 FASTQ 到二进制比对图 (BAM),再到 VCF

体验出众的性能。

从 FastQ 到变体识别格式 (VCF),Clara Parabricks 利用 NVIDIA A100 Tensor Core GPU 加速一系列硬件配置的运行时间。从比对到分类,再到变体识别,基因组研究人员可以在分析工作流的每个步骤中体验加速。相较于仅使用 CPU 的系统,当系统使用更多的 GPU 时,可以观察到计算时间大幅缩减,计算速度可提升 80 倍以上。

在 30 分钟内以 30 倍的覆盖率分析全人类基因组

在本地、云端和边缘进行部署。

NVIDIA DGX A100

本地构建。

Clara Parabricks 在一个 NVIDIA DGX™ A100 上运行,利用基因组分析工具包 (GATK) 最佳实践,每年分析多达 25000 个全基因组(覆盖率达 30 倍),吞吐量超越单个 DGX A100 线性扩展。

云端部署。

在云端,时间就是金钱。从可在几分钟内分析基因组的 GPU 实例中选择。为了方便部署,多家云提供商将 Clara Parabricks 作为一种即用型镜像进行托管,以供即时使用。

云端部署。
将 AI 应用到边缘。

将 AI 应用到边缘。

我们与基因组学仪器制造商合作,创建由软件定义的 AI DNA 测序仪、空间转录组学设备和其他组学设备,从而提高准确性并实现边缘实时分析。

借助 NVIDIA LaunchPad 快速开启您的 AI 之旅。

通过 Clara Parabricks 的免费实操实验,立即访问用于加速基因组分析的 NVIDIA 企业解决方案。

对现实世界产生影响。

  • 大规模分析
  • 在测序仪和设备中
  • 用于尖端研究
安装了 Clara Parabricks 的 DeepVariant

布洛德研究所

除优化 AI 加速的工作流程和大型语言模型以推进发现外,NVIDIA 还与布洛德研究所合作,将 GPU 加速的 Parabricks 引入 Terra 平台。

泰国国家生物数据库加速基因组发现

泰国国家生物数据库 (NBT)

通过使用 NVIDIA DGX A100 和 Clara Parabricks,NBT 将全基因组测序数据处理时间缩短了 4 个月,其个人用户处理时间从 30 多个小时缩短到 1-2 小时。

转基因组研究院 (TGen)

人类基因组中心 (HGC)

东京大学 HGC 宣布推出新的基因组学平台,利用 NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 基因组学软件,将基因组分析速度提升至基于 CPU 环境的 40 倍。

转基因组研究院 (TGen)

Regeneron Genetics Center

Regeneron 正使用安装了 Clara Parabricks 的 DeepVariant 来生成可扩展的高质量数据,这些数据可在基因组学社区中再现。

Ultima Genomics 与 NVIDIA 合作

Ultima

Ultima Genomics 正与 NVIDIA 合作,利用 AI 和加速计算提供价值 100 美元的基因组测序。

Singular Genomics 与 NVIDIA 合作

Singular

Singular Genomics 正在与 NVIDIA 合作,提供市场领先的新一代测序与分析速度。

由 NVIDIA AGX 提供支持的 MinIT 设备

Oxford Nanopore

Oxford Nanopore 正在升级 PromethION 计算塔,从 NVIDIA V100 到 A100 技术。这种处理能力的提升使 Oxford Nanopore 能够跟上高精度碱基识别速度,并大大扩展超高精度算法的产能。

DNA 测序速度创造吉尼斯世界纪录
图片来源:Steve Fisch,斯坦福大学提供。

吉尼斯世界纪录

一组研究人员创造了新的 DNA 测序记录(5 小时 2 分钟),这将使临床医生能够从危重症患者身上抽血,并在当天做出遗传疾病的诊断。

在重症监护领域进行高速纳米孔基因组测序

斯坦福大学、Google 和 Oxford Nanopore

通过将 DeepVariant 的 GPU 加速执行与 NVIDIA Clara Parabricks 相集成,斯坦福大学大大缩短了运行时间。

GPU 加速的病原体基因组变体计算框架

普渡大学

普渡大学的研究人员完成了一项研究,该研究评估了用于病原体基因组变体识别的 GPU 加速计算框架的性能和准确性。

开始使用 Clara Parabricks。

立即免费使用 NVIDIA Clara Parabricks。

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